Keine Sorge, du kannst einfach deine Verzeichnisstrukturen lassen, wie sie sind. Es lohnt sich aber, alle digitalen Dokumente, die du verwalten willst, in einem Verzeichnisbaum zu bünden. Das Wurzelverzeichnis dieser Struktur kannst du beim Start von WibTag vorgeben. Danach kannst du wie in einem Dateimanager durch die Dokumente browsen.

WibTeX & WibTag
Get Organized.